Podľa fytogeografického členenia územie CHKO Cerová vrchovina patrí do oblasti panónskej flóry (Pannonicum), podoblasti pramatranskej xerotermnej flóry (Matricum), fytogeografického okresu Ipeľsko-rimavská brázda. Pôvodnými prirodzenými rastlinnými spoločenstvami sú lesné spoločenstvá, teplomilné spoločenstvá skál a skalných stepí, spoločenstvá mokradí. K druhotným spoločenstvám radíme ekologicky už viac-menej stabilizované, odlesnením vzniknuté stepné formácie, kroviny a spoločenstvá okolia umelých vodných nádrží.
Z hľadiska ochrany prírody za najvýznamnejšie živočíšne druhy územia považujeme druhy medzinárodného významu a druhy, ktoré majú v sledovanej oblasti hranicu svojho rozšírenia. V Chránenej krajinnej oblasti Cerová vrchovina sa tiež v hojnom počte vyskytujú druhy panónske a mediteránne, ktoré sú v rámci Slovenska zriedkavé. V menšej miere sa tu vyskytujú druhy karpatské a druhy severské.
